- Projektowanie i utrzymanie hurtowni danych (Data Warehouse / Data Lake House) dla danych klinicznych, obrazowych i omicznych;
- nadawanie identyfikatorów trwałych (PID) i standaryzacja metadanych zgodnie z zasadami FAIR i HL7 FHIR;
- zarządzanie cyklem życia danych badawczych – od zbierania, przez przechowywanie, po archiwizację;
- bezpieczne przesyłanie dużych plików i zbiorów danych między instytucjami
Katalog działań realizowanych przez IP_CMC
Zarządzanie danymi badawczymi
Anonimizacja i ochrona danych
- Anonimizacja i pseudonimizacja danych medycznych zgodnie z RODO i wytycznymi EDPB;
- automatyczne usuwanie danych osobowych z tekstów wolnych (opisów klinicznych) z wykorzystaniem NLP/NER;
- generowanie danych syntetycznych do celów badawczych i testowych;
- wsparcie prawne i etyczne w zakresie zgód, dokumentacji oraz kontaktu z komisjami bioetycznymi;
- kodowanie próbek i zachowanie poufności danych powiązanych z materiałem biologicznym
Wsparcie analityczne i AI
- Analiza danych wielomodalnych (dane kliniczne, obrazowe, sekwencyjne) przy użyciu AI i uczenia maszynowego;
- budowa narzędzi wspierających decyzje kliniczne na bazie sztucznej inteligencji;
- automatyczna ekstrakcja zmiennych i klasyfikacja tekstów medycznych (NLP);
- analizy typu genome-wide association, RNA sequencing, single-cell sequencing;
- wsparcie metodologiczne i statystyczne dla projektów badawczych oraz wniosków grantowych
Współpraca z Centralnym Biobankiem
- Pobieranie, izolacja i przechowywanie materiału biologicznego (krew, tkanki, płyny biologiczne);
- ekstrakcja DNA/RNA oraz przygotowanie próbek do dalszych analiz, w tym sekwencjonowania genomowego (WGS);
- monitorowanie warunków przechowywania i zapewnienie identyfikowalności próbek;
- tworzenie i zarządzanie nowymi kolekcjami próbek na potrzeby konkretnych projektów badawczych;
- krajowa i międzynarodowa wysyłka próbek oraz wymiana danych z innymi biobankami na podstawie umów MTA i DTA
Katalogowanie i udostępnianie zasobów
- Prowadzenie katalogu zbiorów danych, kohort i kolekcji biobankowych dostępnych dla badaczy;
- portal zgłoszeniowy umożliwiający zamawianie próbek, obrazów i danych przez jedno okno kontaktowe;
- integracja z międzynarodowymi katalogami i sieciami
Rozwój badaczy i promocja nauki
- Szkolenia i warsztaty z zakresu zarządzania danymi, narzędzi analitycznych i zasad etycznych;
- doradztwo w zakresie wniosków grantowych i oceny wykonalności projektów danych;
- wsparcie publikacyjne – repozytoria, bibliografia, promocja wyników badań;
- udostępnianie infrastruktury obliczeniowej (cloud, storage) dla zespołów badawczych