O jednostce

Głównym celem działania Centrum jest umożliwienie kontrolowanego i zgodnego z prawem przepływu danych medycznych, w tym danych badawczych, statystycznych i obrazowych, co wspiera rozwój profilaktyki oraz nowych metod diagnostyki i leczenia.

Centrum realizuje bezpieczny, cyklicznie uruchamiany proces zasilania danymi, w którym pełne zbiory kliniczne pozostają w infrastrukturze podmiotu źródłowego, a do środowisk badawczych trafiają dane oczyszczone, wzbogacone, a przede wszystkim zanonimizowane.

Podobnie jak europejskie instytucje badawcze, IP_CMC nie jest jednorazowym projektem, lecz stałym elementem ekosystemu naukowego Uczelni, obsługującym wiele zespołów i inicjatyw badawczych równolegle.

W Interdyscyplinarnym Pomorskim Centrum Medycyny Cyfrowej zajmujemy się:

• rozwojem infrastruktury danych medycznych – hurtowni danych (Data Warehouse / Data Lake House) ustrukturyzowanych, obrazowych, sekwencyjnych i tekstowych wraz z niezbędną infrastrukturą teleinformatyczną;
• ekstrakcją danych z systemów klinicznych: HIS (Clininet), PACS, LIS oraz urządzeń peryferyjnych – w standardach HL7 FHIR i OHDSI OMOP CDM;
• integracją, przetwarzaniem i anonimizacją danych medycznych na potrzeby badań naukowych, w tym niekomercyjnych badań klinicznych, z wykorzystaniem dedykowanego anonimizatora oraz potoku NLP/NER usuwającego dane osobowe z tekstów wolnych (opisów klinicznych);
• wsparciem rozwoju badaczy poprzez udostępnianie narzędzi, systemów informatycznych i kompetentnego personelu naukowo-technicznego;
• współpracą z Centralnym Biobankiem GUMed w zakresie gromadzenia, przechowywania i udostępniania próbek biologicznych oraz powiązanych danych klinicznych na potrzeby badań;
• rozwojem innowacyjnych metod wykorzystania danych klinicznych, w tym danych pielęgniarskich, we współpracy z ośrodkami badawczymi;
• pozyskiwaniem danych medycznych do badań od partnerów i jednostek klinicznych, przede wszystkim od UCK;
• promocją nauki i publikacji naukowych powstających z wykorzystaniem infrastruktury IP_CMC;
• prowadzeniem projektów i inicjatyw naukowych finansowanych z różnych programów wspierania nauki i obszaru ochrony zdrowia.

Centrum świadomie stosuje model hybrydowy, łączący własną infrastrukturę on-premise z rozwiązaniami chmurowymi. Wrażliwe dane kliniczne podlegają ograniczeniom prawnym dotyczącym miejsca przechowywania, dlatego pozostają w środowisku o pełnej kontroli. Rozwiązanie to optymalizuje koszty i pozwala uniknąć uzależnienia od pojedynczego dostawcy usług informatycznych.

Z zasobów i kompetencji Interdyscyplinarnego Pomorskiego Centrum Medycyny Cyfrowej korzystają zespoły badawcze GUMed oraz partnerskie instytucje naukowe realizujące projekty w obszarze medycyny cyfrowej, genomiki, bioinformatyki i analizy danych klinicznych. Prace koncentrują się na priorytetowych obszarach badawczych Uczelni: onkologii, kardiologii oraz genetyce i biologii molekularnej. Centrum zwiększa efektywność i jakość prowadzonych badań naukowych, w tym poprzez ułatwienie dostępu do zaawansowanej infrastruktury przetwarzania danych bez konieczności budowania jej indywidualnie przez każdy zespół badaczy.

Działanie Centrum opiera się na uznanych standardach jakości, interoperacyjności i bezpieczeństwa danych:

• FAIR oraz HL7 FHIR – jakość i interoperacyjność danych medycznych;
• RODO oraz wytyczne EDPB – ochrona danych osobowych, anonimizacja i pseudonimizacja;
• ISO/IEC 27001 – system zarządzania bezpieczeństwem informacji;
• PN-EN ISO 20387 oraz Standard Jakości dla Biobanków Polskich 2.0 – jakość i bezpieczeństwo w Centralnym Biobanku GUMed.

Infrastruktura Centrum umożliwia realizację innowacyjnych projektów o wysokim potencjale wdrożeniowym, między innymi:

• CARLOTA – automatyczna detekcja zmian chorobowych w niskodawkowej tomografii komputerowej klatki piersiowej (przesiew raka płuca);
• Wirtualny Patolog – analiza i segmentacja obrazów preparatów tkankowych, m.in. ocena wskaźnika TILS 
  AI-DiagNOSe – wczesne wykrywanie sepsy i niewydolności oddechowej u noworodków na oddziale intensywnej terapii;
• Cyfrowy bliźniak onkologiczny – sygnatury radiogenomiczne wspierające personalizację radioterapii onkologicznej;
• AMBU-PRO – optymalizacja zarządzania wizytami w poradniach ambulatoryjnych;
• DiSCharge-PRO – wsparcie decyzji o właściwym momencie wypisu pacjenta chirurgicznego;
• TAVRisk – ocena ryzyka powikłań po zabiegu przezcewnikowej wymiany zastawki aortalnej (TAVR);
• DiagMol – kontrola jakości w diagnostyce molekularnej opartej o sekwencjonowanie NGS.

Celem strategicznym IP_CMC jest systematyczne zwiększanie liczby i jakości realizowanych badań naukowych w GUMed, ze szczególnym uwzględnieniem niekomercyjnych badań klinicznych oraz poprawy efektywności procesów badawczych. Centrum aktywnie współpracuje w ramach międzynarodowych konsorcjów badawczych, takich jak EuCanImage, RadioVal i EUCAIM. Wzorem europejskich centrów badawczych, które łączą misję naukową z konkretnymi wskaźnikami wpływu na system ochrony zdrowia, Centrum planuje rozwój w kierunku pełnoprawnego węzła danych medycznych w skali regionalnej i krajowej, otwartego na współpracę z kolejnymi jednostkami badawczymi i klinicznymi.

Do podobnych centrów medycyny cyfrowej na świecie należą:

• Inserm we Francji;
• Biomedical Data Science Center przy CHUV w Szwajcarii;
• IDIBELL w Hiszpanii;
• BBMRI-ERIC;
• Health-RI w Holandii;
• UK Biobank w Wielkiej Brytanii.