Gdański Uniwersytet Medyczny kształci studentów na czterech wydziałach: Lekarskim, Farmaceutycznym, Nauk o Zdrowiu z Instytutem Medycyny Morskiej i Tropikalnej i Międzyuczelnianym Wydziale Biotechnologii UG i GUMed (MWB).

Wydział Lekarski utworzony został w 1945 r. Dwa lata później powołano Wydział Stomatologiczny. Po ich połączeniu w 1950 r. powstał Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologicznym, który kontynuuje wielowiekowe gdańskie tradycje nauk przyrodniczo-lekarskich.

Także Wydział Farmaceutyczny powstał w 1945 r. Oddział Medycyny Laboratoryjnej w jego strukturze powołano w 2001 r.

Wydział Nauk o Zdrowiu z Instytutem Medycyny Morskiej i Tropikalnej (WNoZ) został utworzony 30 marca 2006 r.

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii (MWB) jest wspólną jednostką Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Powstał w 1993 r. i prowadzi kształcenie na kierunku biotechnologia.