Nauczanie w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym oparte jest o własne i dobrze wyposażone zaplecze dydaktyczne. Studenci Wydziału Lekarskiego i Wydziału Nauk o Zdrowiu uczą się nauk podstawowych w Collegium Biomedicum, budynku zlokalizowanym przy ulicy Dębinki oraz w niektórych jednostkach GUMed rozproszonych na terenie Trójmiasta. Natomiast praktyczne zajęcia kliniczne dla studentów GUMed realizowane są w Uniwersyteckim Centrum Klinicznym, Uniwersyteckim Centrum Medycyny Morskiej i Tropikalnej oraz w wybranych placówkach opieki zdrowotnej Trójmiasta.
p<>. Największy wielospecjalistyczny szpital – Uniwersyteckie Centrum Kliniczne położony jest w rejonie ulic Dębinki i Smoluchowskiego. Większość jego budynków wzniesiono między 1908 i 1927 rokiem. Obiekty szpitala są systematycznie modernizowane, a kliniki i zakłady wyposażone w nowoczesną aparaturę diagnostyczną i terapeutyczną.W 2004 roku GUMed przejął Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej w Gdyni i utworzył dysponujące 101 łóżkami Uniwersyteckie Centrum Medycyny Morskiej i Tropikalnej. Pozwoliło to na wzbogacenie dotychczasowej oferty nauczania o unikalne w skali kraju specjalności takie jak: medycyna hiperbaryczna, medycyna tropikalna, parazytologia czy medycyna pracy. Ponadto pięć uniwersyteckich klinik znajduje się także w różnych szpitalach Gdańska.
W ostatnich latach zakończono szereg inwestycji budowlanych poprawiających bazę dydaktyczno-naukową GUMed, takich jak: Katedra i Klinika Pediatrii, Hematologii, Onkologii i Endokrynologii, Katedra i Zakład Medycyny Sądowej i Trójmiejska Akademicka Zwierzętarnia Doświadczalna. W 2006 roku zakończono prace budowlane w budynku tzw. „Starej Anatomii” przy al. Zwycięstwa. Dziś obiekt jest nowoczesnym centrum dydaktycznym naszej Uczelni, posiadającym liczne sale seminaryjne. Mieści się w nim również główna, reprezentacyjna sala wykładowa na 350 miejsc – Auditorium Primum.
Bazę dydaktyczną Wydziału Farmaceutycznego stanowi kompleks budynków przy ulicy Hallera. Zlokalizowane w nim są sale wykładowe, ćwiczeniowe i seminaryjne oraz zaplecze naukowe Wydziału. W sąsiedztwie budynków naukowo-badawczych mieści się ogród botaniczny, szklarnia oraz kompleks sportowy ogólnouczelnianego Studium Wychowania Fizycznego i Sportu.
Studenci Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed odbywają zajęcia głównie w budynku uniwersyteckim zlokalizowanym przy ulicy Abrahama w Gdańsku, a także w Collegium Biomedicum przy ul. Dębinki. Ważnym przedsięwzięciem dla Wydziału było uruchomienie Trójmiejskiej Akademickiej Zwierzętarni Doświadczalnej – TAZD – zaplecza dydaktycznego i badawczego dla zespołów MWB należących do Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, a jednocześnie stanowiącego ważny element infrastruktury badawczej dostępnej dla wszystkich jednostek naukowych Trójmiasta.
Istotną rolę w procesie dydaktycznym odgrywa systematycznie modernizowana Biblioteka Główna, która gromadzi wydawnictwa z zakresu medycyny, farmacji, stomatologii, pielęgniarstwa i nauk o zdrowiu oraz nauk pokrewnych, tj. chemii, biologii, fizyki, psychologii itp. Na księgozbiór Biblioteki składają się zasoby Biblioteki Głównej, zlokalizowanej przy ulicy Dębinki, a także Biblioteki Wydziału Farmaceutycznego oraz bibliotek poszczególnych klinik i zakładów.
Centrum Sportu to wielofunkcyjny kompleks sportowo-rekreacyjny, który pozwala studentom GUMed odbywać w komfortowych warunkach zajęcia ruchowe, a sportowcom zrzeszonym w Sekcjach Sportowych rozwijać swoje zainteresowania i aktywności. W budynku znajdują się: arena sportowa o powierzchni 1100 m2 z boiskami do futsalu, piłki ręcznej, koszykówki i siatkówki oraz sale ćwiczeń do aerobiku, squasha, wschodnich sztuk walki i zapasów. W obiekcie zaprojektowano 2 zespoły szatniowo-sanitarne dla mężczyzn i kobiet, garaż podziemny na 103 miejsca postojowe i stojaki na 22 rowery.