Akademia Lekarska w Gdańsku została utworzona 8 października 1945 roku. Jej historia nawiązuje do wielowiekowych tradycji uprawiania w Gdańsku medycyny przez chirurgów zrzeszonych w działającym od 1454 roku Cechu Chirurgów oraz nauczania i badań medyczno-przyrodniczych, zwłaszcza w założonym w 1558 roku Gdańskim Gimnazjum Akademickim (Atheneum Gedanense). Utworzono w nim katedrę nauk przyrodniczych i medycyny (physices et medicinae), którą kierowali wybitni znawcy przedmiotu. Najbardziej znanymi spośród wykładowców byli Joachim Oelhafius, rodowity gdańszczanin, który w 1613 roku jako pierwszy w północnej Europie przeprowadził publiczną sekcję zwłok noworodka oraz anatom i lekarz – Jan Adam Kulmus, autor wydanego w 1732 roku atlasu anatomicznego „Tabulae anatomicae”. Dzieło to doczekało się wielu wydań i było tłumaczone na wiele języków. Gimnazjum Akademickie prezentowało wysoki poziom, a jego absolwenci byli przyjmowani na trzeci rok studiów medycznych w uniwersytetach zachodnioeuropejskich. Po likwidacji Gimnazjum Akademickiego w początkach XIX wieku aż do pierwszych lat XX wieku nie istniała w Gdańsku żadna szkoła wyższa o akademickim charakterze.
Tradycje nauk farmaceutycznych w Gdańsku sięgają czasów Jana Placotomusa, autora wspaniałych książek i założyciela w 1527 roku pierwszej gdańskiej apteki oraz Jana Schmiedta alias Fabritiusa, współautora najstarszej w Polsce farmakopei wydanej w roku 1665.
W 1935 roku senat Gdańska, wówczas już niemal całkowicie opanowany przez niemieckich nacjonalistów (członków NSDAP), przystąpił do organizowania Akademii Medycyny Praktycznej (Die Staatliche Akademie für Praktische Medizin zu Danzig) na bazie szpitala miejskiego zbudowanego w latach 1907-1911. Nauczanie medycyny w nowo otwartej uczelni obejmowało przedmioty kliniczne. W 1940 r., po zorganizowaniu nauczania także przedmiotów przedklinicznych, nazwę uczelni zmieniono na Medizinische Akademie in Danzig, tworząc pełne, pięcioletnie studium medycyny.
Po zakończeniu II wojny światowej powstała Akademia Lekarska w Gdańsku, przemianowana w 1950 roku na Akademię Medyczną. W gronie profesorów nowo powstałej uczelni było wielu wybitnych polskich uczonych, wywodzących się z Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, którzy przybyli do Gdańska po przyłączeniu Wilna do ówczesnego Związku Radzieckiego, a także garstka uczonych z innych przedwojennych polskich ośrodków akademickich. Początkowo Akademia Lekarska kształciła na dwóch kierunkach studiów: lekarskim i farmaceutycznym. W maju 1947 roku powołano Wydział Stomatologiczny Akademii Lekarskiej, przemianowany w styczniu 1950 r. na Oddział Stomatologiczny Wydziału Lekarskiego. W 1975 r. Akademia Medyczna w Gdańsku utworzyła swą filię w Bydgoszczy, przekształconą w 1984 roku w samodzielną uczelnię. W 1993 roku powstał Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii jako jednostka wspólna Akademii Medycznej w Gdańsku i Uniwersytetu Gdańskiego. W roku akademickim 2005/2006 Akademia Medyczna w Gdańsku uruchomiła Wydział Nauk o Zdrowiu.
Od chwili swego powstania Uczelnia dba o stały rozwój bazy dydaktycznej i klinicznej. Utworzono w niej wiele nowych zakładów i klinik, unowocześniono wyposażenie, wzniesiono kilka budynków, skomputeryzowano i okablowano siecią komputerową wszystkie obiekty w tym osiedle studenckie. Obecnie GUMed oferuje edukację w prawie wszystkich zawodach medycznych, w tym także w języku angielskim.
Akademia Medyczna w Gdańsku 19 maja 2009 r. zmieniła nazwę na Gdański Uniwersytet Medyczny (GUMed).
