Centrum Badań in Vivo

Jednostki ogólnouczelniane
Numer MPK: 716

Dębinki 1, 80-211, Gdańsk

58 349 14 60

cbiv@gumed.edu.pl

Centrum Wsparcia Badań Klinicznych GUMed (CWBK-GUMed) jest jednostką ogólnouczelnianą, podległą Rektorowi GUMed, której zadaniem jest kompleksowe wsparcie badań klinicznych prowadzonych przez Uczelnię. CWBK-GUMed koordynuje, wspiera i obsługuje realizację akademickich badań niekomercyjnych, a także projektów badawczych finansowanych ze środków przyznawanych w trybie konkursowym przez Agencję Badań Medycznych i inne instytucje finansujące niekomercyjne badania kliniczne. Docelowo CWBK-GUMed będzie również wspierać i koordynować komercyjne badania kliniczne prowadzone przez partnerów Uczelni.

CWBK-GUMed konsoliduje działania zmierzające do wypracowania ścieżek poprawiających jakość badań klinicznych oraz zwiększających dostępność pacjentów do nowych terapii i schematów leczenia. Ważnym obszarem działań CWBK-GUMed jest funkcja Akademickiego CRO, którego zadaniem jest obsługa niekomercyjnych badań akademickich prowadzonych przez GUMed, a docelowo również współpraca z innymi podmiotami pełniącymi rolę sponsorów w niekomercyjnych i komercyjnych badaniach klinicznych.

Centrum uczestniczy w przedsięwzięciach integrujących aktywność naukową i kliniczną Uczelni, partycypując w działaniach mających podnieść jakość klinicznych projektów naukowych realizowanych przez pracowników GUMed. CWBK_GUMed jest jednostką wspierającą wszelkie inicjatywy naukowe mające formę badań klinicznych, również tych realizowanych z partnerami krajowymi i międzynarodowymi. Kierownikiem Centrum jest prof. dr hab. Piotr Widłak.

CWBK-GUMed jest częścią Multidyscyplinarnego Centrum Wsparcia Badań Klinicznych GUMed-UCK-UCS (MCWBK GUMed-UCK-UCS), współtworzonego przez jednostki partnerskie w Uniwersyteckim Centrum Klinicznym i Uniwersyteckim Centrum Stomatologicznym GUMed.

Utworzenie MCWBK GUMed-UCK-UCS związane jest z programem Agencji Badań Medycznych, którego celem jest stworzenie w Polsce Sieci Centrów Wsparcia Badań Klinicznych. Sieć ta umożliwi wprowadzenie jednolitego standardu realizacji badań, wysokiej jakości obsługi pacjentów oraz zwiększenie liczby komercyjnych i niekomercyjnych badań klinicznych. Dzięki temu możliwe będzie podniesienie standardów jakości badań klinicznych, na wzór standardów i struktur istniejących w innych krajach Europy, w polskich ośrodkach klinicznych uczestniczących w Programie. Ośrodki takie staną się flagowymi instytucjami w ochronie zdrowia prowadzącymi badania o najwyższym standardzie i z troską o bezpieczeństwo uczestników badań.

Gdański Uniwersytet Medyczny, w partnerstwie z Uniwersyteckim Centrum Klinicznym (UCK) i Uniwersyteckim Centrum Stomatologicznym GUMed (UCS), jest beneficjentem pierwszego konkursu ABM w programie Centrów Wsparcia Badań Klinicznych (wraz z 9 innymi ośrodkami akademickimi i medycznymi instytutami badawczymi). Projekt Multidyscyplinarne Centrum Wsparcia Badań Klinicznych przy GUMed-UCK (MCWBK) [2020/ABM/03/00026] uzyskał ponad 10 mln zł dofinansowania z Agencji Badań Medycznych, które umożliwi stworzenie niezbędnej infrastruktury i rozwój kadry Centrum. Projekt MCWBK realizowany będzie w latach 2021-2026.

Docelowe funkcjonowanie MCWBK GUMed-UCK-UCS w strukturach GUMed i wielospecjalistycznego szpitala klinicznego UCK stworzy unikatowy w skali europejskiej ośrodek prowadzący badania nad nowymi strategiami terapeutycznych i metodami diagnostyki. Jednym z głównych celów działań prowadzonych przez MCWBK GUMed-UCK-UCS we współpracy z Ośrodkiem Badań Klinicznych Wczesnych Faz i nowo powstającym centrum badań klinicznych w dziedzinie kardiologii będzie opracowywanie nowoczesnych, niestosowanych do tej pory terapii zabiegowych i farmakologicznych. Utworzenie MCWBK GUMed-UCK-UCS przyczyni się również do zwiększenia kompetencji zespołów badawczych i co za tym idzie podniesienia kwalifikacji pracowników naukowych i doktorantów. W ramach MCWBK GUMed-UCK-UCS powstanie Zespół rozwoju badań klinicznych i naukowych, który już na etapie tworzenia koncepcji naukowej będzie wspierał badaczy w zakresie planowania i realizacji badań klinicznych oraz eksperymentów medycznych. Działalność MCWBK GUMed-UCK-UCS będzie więc wspomagała działania GUMed jako uczelni badawczej.

Centrum Badań Klinicznych Wczesnych Faz powstało w oparciu o strukturę Ośrodka Badań Klinicznych Wczesnych Faz. Działalność CBKWF ma na celu prowadzenie badań klinicznych na wczesnym etapie rozwoju innowacyjnych terapii, zwłaszcza w Priorytetowych Obszarach Badawczych Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, określonych w Programie „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza”. Powyższe badania naukowe oceniają bezpieczeństwo i skuteczność terapii w wielu obszarach terapeutycznych, w szczególności onkologicznych, hematologicznych, kardiologicznych, neurologicznych i chorób tkanki łącznej. Badania I/II fazy w CBKWF obejmują m.in. projekty typu first-in-human z eskalacją dawki, interakcje międzylekowe, interakcje z pożywieniem, bezpieczeństwo kardiologiczne, ścisłe monitorowania farmakokinetyki/farmakodynamiki.

Prawidłowe przeprowadzenie badań wczesnych faz wymaga pracy całego zespołu badawczego z zachowaniem wysokich standardów jakości i międzynarodowych zasad Dobrej Praktyki Klinicznej opracowanych przez Międzynarodową Konferencję ds. Harmonizacji. Personel CBKWF posiada certyfikaty dobrej praktyki klinicznej (GCP), IATA oraz przeszedł szkolenie z zaawansowanych zabiegów resuscytacyjnych. Badania prowadzone w ramach CBKWF są regularnie monitorowane przez przedstawicieli sponsorów badań oraz krajowe i zagraniczne instytucje powołane do tego celu.

Centrum, powołane z inicjatywy prof. Jacka Jassema, działa na rzecz merytorycznego wzmocnienia zespołów badawczych jednostek GUMed poprzez wsparcie procesu budowania doskonałości naukowej oraz międzynarodowej pozycji Uczelni. Działalność naukowo-badawcza CBKWF obejmuje planowanie badań klinicznych na podstawie danych podchodzących z badań przedklinicznych oraz dostępnych danych klinicznych dotyczących produktów farmaceutycznych i leków, a także konsultacje w zakresie przygotowania i współudział w realizacji badań wczesnych faz z partnerami zewnętrznymi, w tym w szczególności z przedstawicielami przemysłu farmaceutycznego, innymi uczelniami i akademickimi grupami badawczymi. Centrum prowadzi również badania translacyjne w zakresie optymalizacji metod diagnostycznych medycyny spersonalizowanej. Działalność CBKWF obejmuje również kształcenie studentów, doktorantów oraz kadry GUMed.

CBKWF nawiązało współpracę międzynarodową z licznymi instytucjami zagranicznymi (m. in. Szpital Uniwersytecki Charite w Berlinie, Szpital Uniwersytecki w Lozannie, Szpital Onkologiczny im. Princess Margaret w Toronto) oraz partnerami z krajowego i zagranicznego przemysłu farmaceutycznego.

Zespół Centrum:

• prof. Rafał Dziadziuszko
• prof. Jacek Jassem
• dr Zofia Specht-Szwoch
• mgr Klaudia Dzieciuch
• lek. Magdalena Błaszkowska
• Małgorzata Biedrzycka
• Marcin Mróz

Zapraszamy na bezpłatne konsultacje i analizy z CABiB!

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych (CABiB) oferuje naukowcom Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego bezpłatne wsparcie w zakresie biostatystyki, bioinformatyki oraz sztucznej inteligencji. Skorzystaj z konsultacji z naszymi ekspertami lub zamów specjalistyczną analizę – całkowicie bez opłat, w ramach limitu do 50 godzin pracy specjalisty.

Dlaczego warto?

• Profesjonalne doradztwo i wsparcie merytoryczne
   
• Indywidualne podejście do Twoich potrzeb badawczych
   
• Bezpłatne analizy dostosowane do Twojego projektu
   
• CABiB to miejsce, w którym nowoczesne technologie wspierają naukę – dołącz do nas i skorzystaj z naszego doświadczenia!

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych – kim jesteśmy

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych to nowe core facility powstałe w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Misją Centrum jest ułatwienie prac zespołów badawczych poprzez podniesienie doskonałości naukowej publikowanych rezultatów. Kluczowym obszarem działania core facility jest wsparcie procesu badań naukowych i badań klinicznych w zakresie biostatystyki i bioinformatyki, szczególnie w kontekście Priorytetowych Obszarów Badawczych, realizowanych w ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza”. Centrum zatrudnia biostatystyków i bioinformatyków, których praca ma na celu wzmocnienie interdyscyplinarności w badaniach prowadzonych w GUMed.

Pokaż więcej

Zakres usług

Ogólny zarys świadczonych usług

Centrum Obliczeniowe jest jednostką naukową zapewniającą wszechstronne wsparcie pracowników naukowych w planowaniu, projektowaniu, zarządzaniu oraz raportowaniu projektów naukowych związanych z badaniami klinicznymi, epidemiologicznymi oraz laboratoryjnymi.

Uprzejmie informujemy, iż Gdański Uniwersytet Medyczny jest w posiadaniu nielimitowanej jednostanowiskowej licencji oprogramowania SPSS dla systemu operacyjnego Windows. Osoby zainteresowane uzyskaniem szczegółowych informacji zapraszamy do kontaktu z Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych.

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych posiada również prawo do użytkowania programu GraphPad Prism i udostępnia go dla kadry naukowej i pracowników Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Oprogramowanie to nie tylko ułatwia przeprowadzanie zaawansowanych analiz, ale także pozwala na prezentację wyników w przejrzysty i profesjonalny sposób, co jest kluczowe przy publikowaniu wyników badań. W celu uzyskania instrukcji instalacji oraz klucza licencyjnego zapraszamy do kontaktu na nasz adres mailowy centrum.obliczeniowe@gumed.edu.pl. Liczba dostępnych licencji jest ograniczona.

Zespół Centrum Obliczeniowego przygotował również Poradnik tworzenia bazy danych do analizy biostatystycznej. Publikacja ma na celu ułatwienie naukowcom przygotowania bazy danych do profesjonalnej analizy oraz wskazuje badaczom, w jaki sposób zapisywać otrzymywane wyniki, by były one czytelne i zrozumiałe. Pełen tekst Poradnika dostępny jest w Extranecie.

Obszary współpracy:

• projekty grantowe: zaprojektowanie badania naukowego oraz zaplanowanie analiz biostatystycznych (analiza wielkości próby/mocy testów statystycznych, propozycja oraz opis metodologii statystycznej) i bioinformatycznych (dobór ilości próbek oraz wymaganej głębokości sekwencjonowania, opis metodologii),
• publikacje/abstrakty naukowe: opis metodologii, analiza postawionych pytań badawczych, opis oraz interpretacja wyników, przedstawienie wyników w formie graficznej i tabelarycznej (zgodnie z wymaganiami czasopisma naukowego),
• recenzje naukowe: ustosunkowanie się do pytań/sugestii recenzentów związanych z analizą statystyczną oraz bioinformatyczną,
• dane medyczne: zaprojektowanie oraz zarządzanie bazą danych, czyszczenie danych, utrzymywanie jakości danych,
• konsultacje biostatystyczne i bioinformatyczne: edukowanie w projektowaniu badań naukowych, udzielanie rad dotyczących zbierania i zarządzania danymi, wspieranie w doborze metod statystycznych, pomoc w interpretacji wyników oraz w procesie oceny jakości publikacji naukowych.

Szczegółowy opis świadczonych usług

Centrum świadczy szeroki zakres kompleksowych usług z zakresu zaawansowanej analizy biostatystycznej i bioinformatycznej. Usługi oferowane są przede wszystkim naukowcom prowadzącym badania kliniczne, epidemiologiczne, populacyjne, badania molekularne oraz translacyjne. Techniki obliczeniowe oferowane przez Centrum zebrano na liście udostępnionej poniżej.

Centrum oferuje bezpłatną pierwszą godzinę konsultacji w zakresie analiz biostatystycznych, analiz bioinformatycznych oraz wykorzystania sztucznej inteligencji do analizy danych eksperymentalnych. Na późniejszym etapie koszt usługi wyceniany jest indywidualnie.

Formularz kontaktowy.

Nasze publikacje

1. Elevated expression of complement factor I in lung cancer cells associates with shorter survival- Potentially via non-canonical mechanism
   Felberg A, Bieńkowski M, Stokowy T, Myszczyński K, Polakiewicz Z, Kitowska K, Sądej R, Mohlin F, Kuźniewska A, Kowalska D, Stasiłojć G, Jongerius I, Spaapen R, Mesa-Guzman M, Montuenga LM, Blom AM, Pio R, Okrój M. Transl Res. 2024 Jul;269:1-13. doi: 10.1016/j.trsl.2024.02.003. Epub 2024 Feb 22. PMID: 38395390
2. Immune escape of B-cell lymphoblastic leukemic cells through a lineage switch to acute myeloid leukemia
   Bełdzińska-Gądek, K., Zarzycka, E., Pastuszak, K., Borman, K., Lewandowski, K., Zaucha, J. M., & Prejzner, W. Leukemia & Lymphoma, (2024), 1–11. doi.org/10.1080/10428194.2024.2351194. Epub ahead of print. PMID: 38775354
3. Detection of circulating tumor cells by means of machine learning using Smart-Seq2 sequencing
   Pastuszak K, Sieczczyński M, Dzięgielewska M, Wolniak R, Drewnowska A, Korpal M, Zembrzuska L, Supernat A, Żaczek AJ. Sci Rep. 2024 May 14;14(1):11057. doi: 10.1038/s41598-024-61378-8. PMID: 38744942; PMCID: PMC11094170
4. Dissection of an impact of VDR and RXRA on the genomic activity of 1,25(OH)2D3 in A431 squamous cell carcinoma
   Olszewska AM, Nowak JI, Myszczynski K, Słominski A, Żmijewski MA. Mol Cell Endocrinol. 2024 Mar 1;582:112124. doi: 10.1016/j.mce.2023.112124. Epub 2023 Dec 19. PMID: 38123121; PMCID: PMC10872374
5. Deep Learning-Based, Multiclass Approach to Cancer Classification on Liquid Biopsy Data
   Jopek MA, Pastuszak K, Cygiert S, Best MG, Wurdinger T, Jassem J, Żaczek AJ, Supernat A. IEEE Journal of Translational Engineering in Health and Medicine, vol. 12, pp. 306-313, 2024, Jan; doi: 10.1109/JTEHM.2024.3360865.
6. PDIA3 modulates genomic response to 1,25-dihydroxyvitamin D3 in squamous cell carcinoma of the skin
   Nowak JI, Olszewska AM, Piotrowska A, Myszczyński K, Domżalski P, Żmijewski MA. Steroids. 2023 Nov;199:109288. doi: 10.1016/j.steroids.2023.109288. Epub 2023 Aug 5. PMID: 37549780
7. Longitudinal drug synergy assessment using convolutional neural network image-decoding of glioblastoma single- spheroid cultures
   Giczewska A, Pastuszak K, Houweling M, Abdul KU, Faaij N, Wedekind L, Noske D, Wurdinger T, Supernat A, Westerman BA. Neurooncol Adv. 2023 Nov 5;5(1):vdad134. doi: 10.1093/noajnl/vdad134. PMID: 38047207; PMCID: PMC10691443
8. Metabolomics Meets Clinics: A Multivariate Analysis of Plasma and Urine Metabolic Signatures in Pulmonary Arterial Hypertension
   Wawrzyniak R, Grešner P, Lewicka E, Macioszek S, Furga A, Zieba B, J Markuszewski M, Da Browska-Kugacka A. J Proteome Res. 2023 Oct 12. doi: 10.1021/acs.jproteome.3c00255. Epub ahead of print. PMID: 37827514
9. Long-term mortality after transcatheter aortic valve implantation for aortic stenosis in immunosuppression-treated patients: a propensity-matched multicentre retrospective registry-based analysis
   Walczewski M, Gąsecka A, Witkowski A, Dabrowski M, Huczek Z, Wilimski R, Ochała A, Parma R, Rymuza B, Grygier M, Jemielity M, Olasińska-Wiśniewska A, Jagielak D, Targoński R, Pastuszak K, Grešner P, Grabowski M, Kochman J. Postepy Kardiol Interwencyjnej. 2023 Sep;19(3):251-256. doi: 10.5114/aic.2023.131478. Epub 2023 Sep 27. PMID: 37854972; PMCID: PMC10580841
10. Platelet RNA enables accurate detection of ovarian cancer: an intercontinental, biomarker identification study
    Gao Y, Liu CJ, Li HY, Xiong XM, Li GL, In ‘t Veld SGJG, Cai GY, Xie GY, Zeng SQ, Wu Y, Chi JH, Liu JH, Zhang Q, Jiao XF, Shi LL, Lu WR, Lv WG, Yang XS, Piek JMJ, de Kroon CD, Lok CAR, Supernat A, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Żaczek AJ, Jassem J, Tannous BA, Sol N, Post E, Best MG, Kong BH, Xie X, Ma D, Wurdinger T, Guo AY, Gao QL. Protein Cell. 2023 Jun 7;14(6):579-590. doi: 10.1093/procel/pwac056. PMID: 36905391; PMCID: PMC10246718.
11. Screening of predicted synergistic multi-target therapies in glioblastoma identifies new treatment strategies
    Houweling M, Giczewska A, Abdul K, Nieuwenhuis N, Küçükosmanoglu A, Pastuszak K, Buijsman RC, Wesseling P, Wedekind L, Noske D, Supernat A, Bailey D, Watts C, Wurdinger T, Westerman BA. Neurooncol Adv. 2023 Jun 13;5(1):vdad073. doi: 10.1093/noajnl/vdad073. PMID: 37455945; PMCID: PMC10347974.
12. Tamoxifen decreases ovarian toxicity without compromising cancer treatment in a rat model of mammary cancer
    Nynca A, Swigonska S, Ruszkowska M, Sadowska A, Orlowska K, Molcan T, Myszczynski K, Otrocka-Domagala I, Paździor-Czapula K, Kurowicka B, Petroff BK, Ciereszko RE. BMC Genomics. 2023 Jun 13;24(1):325. doi: 10.1186/s12864-023-09423-0. PMID: 37312040; PMCID: PMC10265842
13. Platelet-Based Liquid Biopsies through the Lens of Machine Learning
    Cygert S, Pastuszak K, Górski F, Sieczczyński M, Juszczyk P, Rutkowski A, Lewalski S, Różański R, Jopek MA, Jassem J, Czyżewski A, Wurdinger T, Best MG, Żaczek AJ, Supernat A. Cancers (Basel). 2023 Apr 17;15(8):2336. doi: 10.3390/cancers15082336. PMID: 37190262; PMCID: PMC10136732
14. Plasma Proteomics Unveil Novel Immune Signatures and Biomarkers upon SARS-CoV-2 Infection
    Urbiola-Salvador V, Lima de Souza S, Grešner P, Qureshi T, Chen Z. Int J Mol Sci. 2023 Mar 27;24(7):6276. doi: 10.3390/ijms24076276. PMID: 37047248; PMCID: PMC10093853
15. Efficacy of intralesional bleomycin in treatment resistant viral warts
    Sławińska, Martyna, Jakub Żółkiewicz, Krzysztof Pastuszak, Klaudia Zawadzka, Monika Sikorska, Roman J Nowicki, and Michał Sobjanek. Dermatol Rev/Przegl Dermatol 2022, 109 (4): 272-290. doi:10.5114/dr.2022.123983
16. Super-Mitobarcoding in Plant Species Identification? It Can Work! The Case of Leafy Liverworts Belonging to the Genus Calypogeia
    Ślipiko M, Myszczyński K, Buczkowska K, Bączkiewicz A, Sawicki J. Int J Mol Sci. 2022 Dec 8;23(24):15570. doi: 10.3390/ijms232415570. PMID: 36555212; PMCID: PMC9779425
17. Pathway-level mutation analysis in primary high-grade serous ovarian cancer and matched brain metastases
    Duchnowska R, Supernat AM, Pęksa R, Łukasiewicz M, Stokowy T, Ronen R, Dutkowski J, Umińska M, Iżycka-Świeszewska E, Kowalczyk A, Och W, Rucińska M, Olszewski WP, Mandat T, Jarosz B, Bieńkowski M, Biernat W, Jassem J. Sci Rep. 2022 Nov 29;12(1):20537. doi: 10.1038/s41598-022-23788-4. PMID: 36446793; PMCID: PMC9708673.
18. Insights into adaptive evolution of plastomes in Stipa L.
    Krawczyk K, Myszczyński K, Nobis M, Sawicki J. BMC Plant Biol. 2022 Nov 14;22(1):525. doi: 10.1186/s12870-022-03923-z. PMID: 36372890; PMCID: PMC9661759
19. Detection and localization of early- and late-stage cancers using platelet RNA
    In ‘t Veld SGJG, Arkani M, Post E, Antunes-Ferreira M, D’Ambrosi S, Vessies DCL, Vermunt L, Vancura A, Muller M, Niemeijer AN, Tannous J, Meijer LL, Le Large TYS, Mantini G, Wondergem NE, Heinhuis KM, van Wilpe S, Smits AJ, Drees EEE, Roos E, Leurs CE, Tjon Kon Fat LA, van der Lelij EJ, Dwarshuis G, Kamphuis MJ, Visser LE, Harting R, Gregory A, Schweiger MW, Wedekind LE, Ramaker J, Zwaan K, Verschueren H, Bahce I, de Langen AJ, Smit EF, van den Heuvel MM, Hartemink KJ, Kuijpers MJE, Oude Egbrink MGA, Griffioen AW, Rossel R, Hiltermann TJN, Lee- Lewandrowski E, Lewandrowski KB, De Witt Hamer PC, Kouwenhoven M, Reijneveld JC, Leenders WPJ, Hoeben A, Verdonck-de Leeuw IM, Leemans CR, Baatenburg de Jong RJ, Terhaard CHJ, Takes RP, Langendijk JA, de Jager SC, Kraaijeveld AO, Pasterkamp G, Smits M, Schalken JA, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Żaczek AJ, Lokhorst H, van de Donk NWCJ, Nijhof I, Prins HJ, Zijlstra JM, Idema S, Baayen JC, Teunissen CE, Killestein J, Besselink MG, Brammen L, Bachleitner-Hofmann T, Mateen F, Plukker JTM, Heger M, de Mast Q, Lisman T, Pegtel DM, Bogaard HJ, Jassem J, Supernat A, Mehra N, Gerritsen W, de Kroon CD, Lok CAR, Piek JMJ, Steeghs N, van Houdt WJ, Brakenhoff RH, Sonke GS, Verheul HM, Giovannetti E, Kazemier G, Sabrkhany S, Schuuring E, Sistermans EA, Wolthuis R, Meijers- Heijboer H, Dorsman J, Oudejans C, Ylstra B, Westerman BA, van den Broek D, Koppers-Lalic D, Wesseling P, Nilsson RJA, Vandertop WP, Noske DP, Tannous BA, Sol N, Best MG, Wurdinger T. Cancer Cell. 2022 Sep 12;40(9):999-1009.e6. doi: 10.1016/j.ccell.2022.08.006. Epub 2022 Sep 1. PMID: 36055228
20. Significance of Dermoscopy in Association with Clinical Features in Differentiation of Basal Cell Carcinoma and Benign Trichoblastic Tumours
    Sławińska M, Płaszczyńska A, Lakomy J, Pastuszak K, Biernat W, Sikorska M, Nowicki RJ, Sobjanek M. Cancers (Basel). 2022 Aug 17;14(16):3964. doi: 10.3390/cancers14163964. PMID: 36010957; PMCID: PMC9406107
21. Breaking the limits – multichromosomal structure of an early eudicot Pulsatilla patens mitogenome reveals extensive RNA-editing, longest repeats and chloroplast derived regions among sequenced land plant mitogenomes
    Szandar K, Krawczyk K, Myszczyński K, Ślipiko M, Sawicki J, Szczecińska M. BMC Plant Biol. 2022 Mar 9;22(1):109. doi: 10.1186/s12870-022-03492-1. PMID: 35264098; PMCID: PMC8905907
22. Breast cancer circulating tumor cells with mesenchymal features-an unreachable target?
    Topa J, Grešner P, Żaczek AJ, Markiewicz A. Cell Mol Life Sci. 2022 Jan 20;79(2):81. doi: 10.1007/s00018-021-04064-6. PMID: 35048186; PMCID: PMC8770434
23. Diagnostic Accuracy of Liquid Biopsy in Endometrial Cancer
    Łukasiewicz M, Pastuszak K, Łapińska-Szumczyk S, Różański R, Veld SGJGI’, Bieńkowski M, Stokowy T, Ratajska M, Best MG, Würdinger T, Żaczek AJ, Supernat A, Jassem J. Cancers (Basel). 2021 Nov 16;13(22):5731. doi: 10.3390/cancers13225731. PMID: 34830891; PMCID: PMC8616122
24. imPlatelet classifier: image-converted RNA biomarker profiles enable blood-based cancer diagnostics
    Pastuszak K, Supernat A, Best MG, In ‘t Veld SGJG, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Różański R, Żaczek AJ, Jassem J, Würdinger T, Stokowy T. Mol Oncol. 2021 Oct;15(10):2688-2701. doi: 10.1002/1878-0261.13014. Epub 2021 Jun 20. PMID: 34013585; PMCID: PMC8486571
25. Modelling of dark fermentation of glucose and sour cabbage
    Sołowski G, Pastuszak K. Heliyon. 2021 Jul 31;7(8):e07690. doi: 10.1016/j.heliyon.2021.e07690. PMID: 34401576; PMCID: PMC8350504
26. Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors
    Supernat A, Popęda M, Pastuszak K, Best MG, Grešner P, Veld SI’, Siek B, Bednarz-Knoll N, Rondina MT, Stokowy T, Wurdinger T, Jassem J, Żaczek AJ. Sci Rep. 2021 Aug 3;11(1):15679. doi: 10.1038/s41598-021-94003-z. PMID: 34344933; PMCID: PMC8333095
27. Bortezomib induces methylation changes in neuroblastoma cells that appear to play a significant role in resistance development to this compound
    Łuczkowska K, Sokolowska KE, Taryma-Lesniak O, Pastuszak K, Supernat A, Bybjerg-Grauholm J, Hansen LL, Paczkowska E, Wojdacz TK, Machaliński B. Sci Rep. 2021 May 10;11(1):9846. doi: 10.1038/s41598-021-89128-0. PMID: 33972578; PMCID: PMC8110815
28. Environmental exposure to persistent organic pollutants measured in breast milk of lactating women from an urban area in central Poland
    Grešner P, Zieliński M, Ligocka D, Polańska K, Wąsowicz W, Gromadzińska J. Environ Sci Pollut Res Int. 2021 Jan;28(4):4549-4557 doi: 10.1007/s11356-020-10767-3

Pokaż więcej 

Zespół

dr hab. Anna Supernat – koordynator

Absolwentka Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Pracę doktorską zrealizowała w Zakładzie Biologii Komórki GUMed, pod kierunkiem prof. Anny Żaczek. Przedmiotem jej zainteresowań jest podłoże molekularne nowotworów, szczególnie w zakresie płynnych biopsji analizowanych za pomocą sekwencjonowania wysokoprzepustowego. Autorka 19 publikacji w recenzowanych czasopismach, uczestniczka licznych konferencji międzynarodowych, ekspert Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (NCBR), kierownik grantów przyznawanych przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) i NCBR.

dr Kamil Myszczyński – starszy specjalista, bioinformatyk-specjalista

Absolwent Wydziału Biologii i Biotechnologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Specjalizuje się w analizie danych biologicznych pozyskanych z metod wysokoprzepustowych. Interesuje się rozwijaniem i wdrażaniem bioinformatycznych protokołów analiz, kierunkami rozwoju technik sekwencjonowania oraz rolą poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych w organizmie. Współwykonawca kilkunastu projektów, które swoją tematyką obejmowały genomikę oraz transkryptomikę m.in. człowieka, ssaków, roślin, bakterii oraz grzybów. Autor lub współautor ponad 20 publikacji naukowych.

dr inż. Krzysztof Pastuszak – bioinformatyk-specjalista; specjalista ds. sztucznej inteligencji

Bioinformatyk, pasjonat płynnych biopsji w diagnostyce onkologicznej, szczególnie z wykorzystaniem sztucznej inteligencji. Ukończył z wyróżnieniem studia na kierunku Informatyka na Politechnice Gdańskiej. Doktorant i asystent w Zakładzie Algorytmów i Modelowania Systemów Politechniki Gdańskiej. Od 2019 roku współpracuje z Zakładem Onkologii Translacyjnej na Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Poza bioinformatyką interesuje się analizą algorytmów i zastosowaniami teorii grafów.

mgr Małgorzata Madej – specjalista ds. wsparcia administracyjnego projektów

Absolwentka Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego. Pasjonatka różnych metodologii zarządzania projektami, ukończyła studia podyplomowe na Wydziale Organizacji i Zarządzania Politechniki Łódzkiej. Posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu dokumentacji projektowej i w pracy administracyjnej. Praca w instytucie badawczym i szeroki zakres wiedzy zaowocowały opracowaniem i wdrożeniem metodyki zarządza projektami oraz przeszkoleniem osób odpowiedzialnych za prowadzenie dokumentacji projektowej. W międzynarodowej korporacji opracowała we współpracy oraz wdrożyła trójstronną platformę zarządzania usługami w sieci punktów sprzedaży.

mgr Anna Koelmer – biostatystyk-specjalista

Absolwentka Matematyki na Politechnice Gdańskiej oraz Informatyki i Ekonometrii na Uniwersytecie Gdańskim. Zatrudnienie w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym rozpoczęła od pracy w Bibliotece Głównej GUMed, gdzie zainteresowała się zagadnieniem otwartych danych w naukach medycznych. Członkini Zespołu ds. Otwartej Nauki w GUMed. Poza analizą danych jej zainteresowania obejmują metodologię badań naukowych oraz informację naukową.

mgr Klaudia Mielczarek

Absolwentka Matematyki stosowanej na Politechnice Gdańskiej oraz Analizy danych – big data w Szkole Głównej Handlowej w Warszawie. Pracę magisterską poświęciła na zbadanie śmiertelności kobiet ze zdiagnozowanym nowotworem piersi. Zakres jej zainteresowań naukowych obejmuje wykorzystanie danych do rozwiązywania rzeczywistych problemów – od eksploracji, przez wizualizację, aż po modele predykcyjne.

Forum Wydarzeń Centrum Obliczeniowego

13.05.2023 r. – dr Peter Grešner, wykład Elements of Experimental Design wygłoszony w ramach kursu Niezbędnik młodego badacza

10.09.2021 r. – dr Kamil Myszczyński i mgr inż. Krzysztof Pastuszak, prelekcje w ramach Meet Biotech Online! #4 Bioinformatyka – z czym to się je?

18.04.2021 r. – dr Peter Grešner, wykład Analiza Kaplana-Meiera (... jak ją zrozumieć i interpretować)

14.04.2021 r. – Dni Otwarte 2021 – wywiad z dr Anną Supernat w ramach projektu Nauka to ludzie

26.03.2021 r. – Prezentacja działań CABiB w kontekście Artificial intelligence and big data

09.02.2021 r. – II Warsztaty z programowania w języku R i analityki biomedycznej

16.12.2020 r. – Inspirujące rozmowy EIT Health GUMed – Out of the box – Innowacje medyczne

25.11.2020 r. – I Warsztaty programowania w języku R

Szanowni Państwo,

Kolegium Kształcenia Podyplomowego jest ogólnouczelnianą jednostką organizacyjną koordynującą nauczanie podyplomowe w naszej Uczelni. Koordynacja ta obejmuje studia podyplomowe, kursy i szkolenia specjalizacyjne dla absolwentów wszystkich kierunków studiów pierwszego i drugiego stopnia nauczania. Kolegium działa w pionie Prorektora ds. Rozwoju i Organizacji Kształcenia. W zakresie działalności statutowej, prowadzimy rejestr studiów podyplomowych, kursów i szkoleń specjalizacyjnych. Rejestr ten jest dostępny na stronach internetowych Kolegium w postaci Kalendarium szkoleń. Corocznie przyjmujemy zgłoszenia powstających studiów podyplomowych, kursów i szkoleń specjalizacyjnych. W celu realizacji swoich zadań, współpracujemy z władzami dziekańskimi wszystkich Wydziałów naszej Szkoły.

Współpracujemy także z instytucjami zewnętrznymi, zajmującymi się podnoszeniem kwalifikacji zawodowych pracowników branży medycznej i farmaceutycznej. Współdziałamy z Centrum Medycznym Kształcenia Podyplomowego, Pomorskim Centrum Zdrowia Publicznego, Okręgową Izbą Lekarską, Okręgową Izbą Pielęgniarek i Położnych, Okręgową Izbą Aptekarską oraz Krajową Izbą Diagnostów Laboratoryjnych.

Zapraszamy wszystkich Państwa do przesyłania drogą mailową własnych inicjatyw szkoleniowych w zakresie kształcenia podyplomowego, nasz adres e-mail: szkolenia@gumed.edu.pl.

Z poważaniem,

prof. dr hab. med. Leszek Bieniaszewski,
dyrektor Kolegium

Kontakt

Kolegium Kształcenia Podyplomowego

Gdański Uniwersytet Medyczny
ul. Dębinki 7,budynek 13,pok.20, 80-211 Gdańsk
tel. (58) 349 1073
e-mail: szkolenia@gumed.edu.pl

Biuro czynne:
pn-pt w godz. 7.30-15.30
pok. 212/ I p.

Dyrektor
prof. dr hab. med. Leszek Bieniaszewski
tel. (58) 349 1073
e-mail: leszek.bieniaszewski@gumed.edu.pl

Centralny Biobank

Jednostki ogólnouczelniane
Numer MPK: 717

Kierownik:
dr Elżbieta Stankiewicz

Kierownik – Dębinki 7, budynek nr 5, I piętro, 80-952 Gdańsk

Dębinki 7, budynek nr 15, -I piętro, 80-952, Gdańsk

58 349 28 13 - kierownik

58 349 90 28 - pracownicy

centralnybiobank@gumed.edu.pl

Centrum Transferu Technologii

Użytkownicy i zbiory

Biblioteka Główna wraz z Biblioteką Wydziału Farmaceutycznego, tworzą system biblioteczno-informacyjny Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, w ramach którego wspierają budowę warsztatu naukowego i dydaktycznego nowoczesnego badacza, nauczyciela akademickiego oraz studenta GUMed. Jest to największa biblioteka medyczna w regionie pomorskim, dostępna dla wszystkich zainteresowanych literaturą medyczną.

Ponad 9 tysięcy zarejestrowanych użytkowników może korzystać z liczących ponad 440 tysięcy woluminów książek i czasopism drukowanych oraz z 70 baz danych online zapewniających dostęp do ok. 200 tysięcy e-książek i ok. 27 tysięcy e-czasopism.

Pełna informacja o zbiorach, zasobach i usługach znajduje się w serwisie Biblioteki Głównej biblioteka.gumed.edu.pl. Za jego pośrednictwem każdy użytkownik może samodzielnie:

• zapisać się do Wypożyczalni,
• przeglądać zbiory i zamawiać potrzebną literaturę poprzez katalog elektroniczny katalog.gumed.edu.pl,
• uzyskać zdalny dostęp do zasobów cyfrowych z komputerów domowych,
• odbyć online dydaktyczne zajęcia obowiązkowe i doszkolić się z zakresu naukowej informacji medycznej,
• zapisać się na organizowane przez Bibliotekę różnego typu szkolenia,
• zgłosić do zakupu książki lub czasopisma poprzez specjalne formularze,
• zamówić kwerendę tematyczną i usługę międzybiblioteczną,
• pobrać wymagane druki,
• uzyskać potrzebne informacje z zakresu m.in. bibliografii i bibliometrii.

Ponadto pracownicy, doktoranci oraz studenci GUMed poprzez stronę www Biblioteki mogą:

• uzyskać zdalny dostęp do zasobów cyfrowych z komputerów domowych,
• odbyć online dydaktyczne zajęcia obowiązkowe i doszkolić się z zakresu naukowej informacji medycznej,
• zapisać się na organizowane przez Bibliotekę różnego typu szkolenia.
   

W 2010 r. w uznaniu zasług dla polskiego bibliotekarstwa Biblioteka Główna została odznaczona przez Zarząd Główny Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich Medalem Bibliotheca Magna – Perennisque, tj. Biblioteka wielka i wieczna – najwyższym odznaczeniem nadawanym organizacjom i instytucjom działającym w obszarze bibliotekarstwa i upowszechniania książki.

Dokumentowanie dorobku naukowego GUMed

Biblioteka na bieżąco rejestruje dorobek publikacyjny Uczelni, tworząc dostępną online bazę – Bibliografię GUMed, która obejmuje publikacje od 1945 r. Dane zawarte w bazie są podstawą do sporządzania analiz bibliometrycznych oraz różnych ocen zarówno Uczelni, jednostek, jak i poszczególnych pracowników naukowych. Pracownia Bibliograficzna potwierdza udział w publikacjach lekarzy przystępujących do specjalizacji.

Pomorska Biblioteka Cyfrowa

Od 2009 r. Biblioteka współuczestniczy w tworzeniu, wraz z bibliotekami województwa pomorskiego, Pomorskiej Biblioteki Cyfrowej, powstałej w ramach projektu dofinansowanego w latach 2009-2012 ze środków unijnych. W kolekcji Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego aktualnie dostępnych jest ponad 2 tysiące publikacji.

Polska Platforma Medyczna: portal zarządzania wiedzą i potencjałem badawczym (PPM)

W 2017 r. Biblioteka Główna uzyskała dofinansowanie w wysokości 4.329.656,06 PLN na realizację środowiskowego projektu unijnego PPM, który powstaje wraz z partnerskimi bibliotekami uniwersytetów medycznych z: Białegostoku, Katowic, Lublina, Szczecina i Warszawy oraz Instytutu Medycyny Pracy w Łodzi (łączna wartość projektu 37.279.341,60 PLN).

Celem zadania jest stworzenie wspólnej platformy typu Current Research Information System (CRIS), prezentującej i promującej osiągnięcia naukowe oraz potencjał badawczy wszystkich jednostek uczestniczących, zarówno łącznie, jak i indywidualnie. Projekt rozpoczął się 1.11.2017 r. i jest nadal rozwijany

Działalność Upowszechniająca Naukę

Biblioteka Główna została również dwukrotnie beneficjentem środków przyznawanych przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego na Działalność Upowszechniającą Naukę. Fundusze wykorzystano na realizację poniższych zadań:

• rozszerzenie informacji katalogowych zawartych w katalogu online BG GUMed poprzez retrospektywne opracowanie zbiorów – wysokość dofinansowania: 91 000 PLN, okres realizacji: lata 2016-2017,
• poszerzenie informacji dostępnych w katalogu elektronicznym BG GUMed poprzez retrospektywne opracowanie zbiorów – wysokość dofinansowania: 43 010 PLN, okres realizacji: rok 2014.

Zmodernizowany budynek Biblioteki Głównej

Siedzibą Biblioteki Głównej od 1968 r. jest gmach przy ul. Dębinki 1. Po rozbudowie, remoncie i modernizacji, przeprowadzonych w latach 2015-2016, użytkownicy mają do dyspozycji przestronną i funkcjonalną Strefę Nauki, której częścią jest nowo dobudowana czytelnia. Dzięki nowej aranżacji istniejących przestrzeni udało się zorganizować miejsca do pracy i nauki, zarówno indywidualnej, jak i grupowej. Odwiedzający Bibliotekę Główną mają do dyspozycji 289 miejsc, w tym 22 stanowiska komputerowe. W Strefie Nauki zgromadzono – z wolnym dostępem do półek – najnowszą literaturę reprezentatywną dla wszystkich dziedzin szeroko rozumianej medycyny oraz bieżące czasopisma. Studenci i pracownicy GUMed mogą korzystać z własnego sprzętu komputerowego za pośrednictwem bezprzewodowych sieci: Biblioteka i Eduroam. Istnieje również możliwość samodzielnego wykonania kopii potrzebnych materiałów (kserokopie i wydruki – odpłatnie, skany – bezpłatnie).

W Bibliotece dostępna jest kawiarenka, obok niej miejsce do konsumpcji własnych produktów, a w holu wejściowym wygodna strefa wypoczynku.

Biblioteka dla środowiska

W misję Biblioteki wpisana jest również dbałość o rozwój kulturalny studentów i całego środowiska Uczelni. W tym celu Biblioteka:

• organizuje wystawy tematyczne i okolicznościowe,
• włącza się w coroczne świętowanie ogólnopolskiego Tygodnia Bibliotek obchodzonego pod auspicjami Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich,
• uczestniczy w akcji promowania nauk medycznych „Nauka dla Zdrowia” – Dzień Otwarty GUMed,
• współpracuje z Fundacją Zaczytani.org i organizuje co roku Wielką Zbiórkę Książek, które następnie przekazywane są pacjentom klinik Uczelnianego Centrum Klinicznego,
• organizuje promocje książek i spotkania autorskie,
• wydaje biuletyn okolicznościowy pt. “Librorum Amator”.