Jak wcześniej wykryć raka jajnika? Test na każdą kieszeń

23.01.2025

Celem projektu jest opracowanie testu diagnostycznego, który będzie służył wczesnemu wykrywaniu nowotworów, i który będzie wykorzystywał płynną biopsję. Cena szacowana to 150 zł, a koszt USG 300 zł. Wszystkie inne metody są droższe.

Nasze badania wskazują, że test może mieć zastosowanie w wielu nowotworach, ale jako ten, od którego zaczynamy nasze badania – jest nim rak jajnika, który stanowi bardzo duże wyzwanie medyczne. Jest nazywany cichym zabójcą. W Polsce mamy 3,5 tysiąca nowych zachorowań co roku. U 75% pacjentek jest rozpoznawanych w stadium zaawansowanym, czyli w stopniu trzecim i czwartym. Co ważne, rokowanie zależy od stopnia zaawansowania. W stadium czwartym 5 lat przeżywa tylko 25% chorych, podczas gdy w stadium pierwszym ponad 90. Tak więc to wcześniejsze wykrycie znacząco będzie dawać szansę przeżycia chorych.

Co będziemy badali

Narzędziem, którego będziemy używać jest płynna biopsja, czyli mniej inwazyjne wykrywanie różnego rodzaju analitów (markerów) z niewielkiej próbki krwi obwodowej. Może służyć diagnozowaniu, ocenie rokowania, wyborowi terapii czy monitorowaniu skuteczności terapii u chorych.

Płynna biopsja wykorzystuje płyny ciała w odróżnieniu do zwykłej biopsji, która używa fragmentu nowotworu – dlatego uważana jest za małoinwazyjną. Wśród tych markerów, które możemy analizować płynną biopsją, są takie jak DNA komórek nowotworowych (czyli ctDNA), krążące komórki nowotworowe, czyli CTC, jak również płytki krwi edukowane przez nowotwór. Tematem płytek krwi w nowotworach nasz zespół zajmuje się od ponad 10 lat, jako jedyny w Polsce.

Płytki krwi w nowotworach są nazywane płytkami edukowanymi przez nowotwór. Nowotwór modyfikuje ich RNA, co można zidentyfikować jako unikalny profil RNA – „podpis” obecności raka. Profil ten zmienia się dynamicznie wraz z postępem choroby i leczenia. Szczególnie jest to widoczne w raku jajnika i trzustki.

Co o planujemy w ramach projektu

Dotychczasowe wyniki naszego zespołu wskazują, że analiza RNA płytek jest bardzo dobrym biomarkerem. Analizując grupę ponad 1600 chorych na 18 różnych typów nowotworów, wykazaliśmy, że profil RNA płytek krwi rzeczywiście działa wiarygodnie jako marker służący wykryciu obecności nowotworu. Co więcej, analizując chore na raka jajnika, wykazaliśmy, że parametry diagnostyczne, w tym dokładność metody, przewyższają standardowo stosowany marker diagnostyczny, czyli CA125.

Widząc potencjał w uzyskanych wynikach, stosunkowo skomplikowany wynik analizy wysokoprzepustowej, jaką jest sekwencjonowanie kilkudziesięciu tysięcy transkryptów przełożyliśmy na tani test oparty o PCR, czyli technikę wykorzystywaną np. w wykrywaniu materiału genetycznego wirusa Sars-Cov2, analizując ponad 100 próbek obiema technikami pokazaliśmy, że parametry diagnostyczne testu są bardzo dobre, a test jest szybki w wykonaniu i niezbyt drogi.

W ramach obecnego projektu chcemy ten test udoskonalić. Planujemy zacząć od szeroko zakrojonych analiz mulitomicznych, czyli analizy RNA, microRNA płytek i metabolitów obecnych w osoczu tej samej osoby. Szacujemy, że dostaniemy sygnał dla kilkuset tysięcy parametrów, których przeanalizowanie będzie wymagało zaawansowanych metod statystycznych i informatycznych. Wykorzystamy algorytmy uczenia maszynowego, czyli sztucznej inteligencji do optymalnej klasyfikacji próbek, by osiągnąć jak najwyższą dokładność metody. Chcemy zwiększyć czułość i specyficzność opracowanej metody, tak żeby ona była przygotowana do wdrożenia.

Korzyści

W wyniku projektu zostanie opracowany nieinwazyjny test wykorzystujący krew obwodową, który pozwoli na wcześniejsze wykrycie nowotworów, zmniejszenie kosztów leczenia, poprawę jakości życia, zmniejszenie obciążenia szpitali. Test ma również potencjał monitorowania przebiegu choroby i odpowiedzi na leczenie, co powinno pozwolić wcześniej wykryć ewentualny nawrót i umożliwić skuteczną interwencję terapeutyczną

O konkursach

Ministerstwo Zdrowia powierzyło Agencji Badań Medycznych realizację 3 konkursów na badania biomedyczne dla jednostek naukowych i przedsiębiorców, które są odpowiedzią na konieczność stworzenia odpowiednich warunków do rozwoju zaplecza badawczo-rozwojowego i wzmacniania jego potencjału w obszarze biomedycznym. Rekordowa, dla Agencji Badań Medycznych, liczba 224 wniosków złożonych w konkursie potwierdza olbrzymi potencjał naukowy tego obszaru. Wierzymy, że nowe rozwiązania mają szansę wpłynąć na poprawę funkcjonowania systemu ochrony zdrowia, w tym przyczynią się do ratowania życia, poprawy jego jakości, uzyskania poprawy stanu zdrowia bądź pełnego wyzdrowienia, a także zapobiegania przedwczesnemu zgonowi.

23 stycznia w siedzibie Agencji Badań Medycznych odbyła się konferencja prasowa, poświęcona zwycięskim projektom jednostek naukowych, w obszarze biomedycznym w ramach Krajowego Planu Odbudowy (KPO).

Udział wzięli: Wiceminister Zdrowia – Katarzyna Kacperczyk, Prezes Agencji Badań Medycznych – prof. Wojciech Fendler oraz przedstawiciele 4 ośrodków, których zgłoszone w tym konkursie przedsięwzięcia otrzymały rekomendację do wsparcia finansowego.

Gdański Uniwersytet Medyczny w tym rozdaniu otrzymał ok 19 mln zł na 3 projekty. Podczas konferencji został zaprezentowany projekt profesor Anny Żaczek, istotny dla opracowania nowych terapii oraz ich użyteczności dla pacjenta i ochrony systemu zdrowia.

Projekt pt. Nowa, multiomiczna, ekonomiczna metoda wcześniejszej diagnostyki raka w oparciu o materiał płynnej biopsji, połączony z zaawansowaną biostatystyką, bioinformatyką i uczeniem maszynowym, będzie realizowany w Zakładzie Onkologii Translacyjnej w Gdańsku.

Celem przedsięwzięcia jest opracowanie ekonomicznego testu umożliwiającego wcześniejszą diagnostykę raka, opartego o materiał pochodzący z płynnej biopsji. Rak jajnika będzie głównym obszarem analiz, jednak dotychczasowe wyniki sugerują, że opracowane rozwiązanie może mieć zastosowanie również w diagnostyce innych nowotworów.

– Projekt bazuje na rozwiązaniach opracowanych i opatentowanych przez nasz zespół, w ramach prac prowadzonych przez dr hab. Annę Supernat. Kluczową technologią jest platforma RT-qPCR wspierana przez sztuczną inteligencję stosowana do analizy RNA pytek krwi. Celem zaplanowanych prac jest dalsze udoskonalenie istniejącego rozwiązania oraz poszerzenie panelu biomarkerów znajdowanych w RNA płytek krwi o analizę miRNA, metabolomikę osocza i wyniki sekwencjonowania. Opracowane rozwiązanie pozwoli na bardziej kompleksową i szybszą diagnostykę, jak również efektywniejsze monitorowanie chorób nowotworowych, co powinno przyczynić się do poprawy wyników leczenia, jak również lepszego funkcjonowania systemu ochrony zdrowia – mówi prof. Anna Żaczek.

Projekt otrzyma środki finansowe w wysokości 5 090 380,55 zł.