Nowa metoda identyfikacji gronkowców
15.12.2021
dr hab. Katarzyna Garbacz, prof. uczelni
Dr hab. Katarzyna Garbacz, prof. uczelni oraz dr Ewa Kwapisz z Zakładu Mikrobiologii Jamy Ustnej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego wraz z prof. Romanem Kotłowskim z Politechniki Gdańskiej opracowali nowatorską metodę identyfikacji gatunków z rodzaju Staphylococcus, w oparciu o sekwencjonowanie genu nucH.
Trafna identyfikacja gatunków bakterii, w tym gronkowców wyizolowanych od pacjentów szpitalnych z użyciem metod rutynowej diagnostyki mikrobiologicznej, niekiedy nie jest możliwa. W celu rozwiązania tego problemu zespół mikrobiologów z GUMed oraz PG poddał badaniom trudne do zidentyfikowania kliniczne szczepy gronkowców z zastosowaniem nowatorskiej metody. Użyta metoda sekwencjonowania okazała się nie tylko przydatna w diagnostyce szczepów gronkowców, ale ponadto pozwoliła na wyizolowanie unikatowego gatunku Staphylococcus succinus subsp. casei, który dotychczas nie był wykrywany w materiałach z zakażeń pobranych od ludzi.
Badaniu został poddany gen nukleazy o nazwie nucH. Choć sama metoda identyfikacji gatunków bakterii z użyciem analizy sekwencji DNA nie jest nowa, po raz pierwszy badacze użyli sekwencji genu nucH jako metody diagnostycznej trudnych do zidentyfikowania patogennych szczepów gronkowca. Sekwencjonowaniu został poddany fragment genu nucH liczący 81 par zasad. Jest to metoda znacznie łatwiejsza niż stosowane dotychczas, z uwagi na około 10-krotne zmniejszenie analizowanej sekwencji nukleotydowej.
– Identyfikowanie trudnych do zdiagnozowania gatunków gronkowców jest niezbędne w śledzeniu epidemiologii klinicznych szczepów wywołujących zakażenia szpitalne oraz w prowadzeniu skutecznej antybiotykoterapii – wyjaśnia prof. Katarzyna Garbacz. – Nasza praca miała na celu opracowanie metody badawczej, która znajdzie zastosowanie przy badaniu wielu gatunków gronkowców. Liczymy, że dzięki temu możliwa będzie bardziej efektywna diagnostyka gronkowcowych zakażeń szpitalnych i ograniczenie ryzyka ich wystąpienia.
bakterie z rodzaju Staphylococcus
– Sekwencjonowanie zidentyfikowanego unikalnego fragmentu genu nucH wydaje się obiecującym testem diagnostycznym do identyfikacji gatunków bakterii z rodzaju Staphylococcus – dodaje prof. Roman Kotłowski – Na podstawie naszych wyników możemy założyć, że prawdopodobnie inne gatunki rodzaju Staphylococcus, pochodzące z różnych próbek klinicznych, można z powodzeniem identyfikować z użyciem opracowanej przez nas metody.
Przygotowana przez naukowców publikacja pt. Novel staphylococci nucH taxonomical marker used in identification of human-associated Staphylococcus succinus subsp. casei ukazała się w czasopiśmie Environmental Microbiology Reports (IF=3,541). Jest również dostępna online.